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科研组织结构是指科研力量（人财物手段）分配的格式或布局，静态结构反映分配的数量比例关系，动态结构反映相互之间的联系和反馈。
按照所有制和经费来源的不同，一个国家的全部科研组织可以划分为政府科研机构、企业科研机构、高校科研机构和非营利科研机构组成。它们相互独立又相互联系，如有些国家的国家实验室往往由企业、高校或非营利机构代管，称之为国有承包经营实验室；政府科研机构也负责有限范围内的管理活动，向其它科研机构委托部分科研项目。
通过比较政府科研机构、高校科研机构、企业科研机构和非营利科研机构的不同，国家就在政策、法规和制度的设计和执行上区别对待这些科研机构。综合各种科研机构的特点，可以归纳出非营利科研机构与国立科研机构、企业科研机构、高校科研机构的区别（见表1）。
表1 不同科研机构的区别
政府科研机构
企业科研机构（技术开发中心）
高校科研机构
非营利科研机构
经费来源
几乎全部R&D经费来源于政府
20％左右的R&D经费来自于政府，其余来自于企业销售收入和为社会提供有偿服务
60％的R&D经费来源于政府，其余主要来自于学校资金和为社会提供有偿服务
政府资助、社会捐赠、为社会提供有偿服务
主要职能
从事政府需要的、特定的基础研究与应用开发研究
主要从事为企业赢利服务的新技术、新产品、新工艺的开发
主要从事基础研究和基础应用研究
主要从事公益性研究和技术、咨询服务
人事管理
接受政府管理，采用和政府公务员基本相同的人事和分配制度。
接受企业管理，采取与企业员工基本相同的人事和分配制度。
接受大学管理，采取与大学教师基本相同的人事和分配制度。
接受由多种人员构成的理事会管理。工资普遍低于政府公务员和企业员工，通过其它补偿完成。
财务管理
向政府提供年度科研预算，或由政府直接拨付项目资金
向企业提供年度科研预算，或由企业按销售额比例直接拨付项目资金
申请政府资助项目、校内项目，承接各类合同项目
申请政府资助、募集捐赠，按现有资金状况安排研究项目
财政政策
属于政府机构，享受免税待遇
享受企业相关扶持政策
享受国家对大学的相关政策
独立的税收优惠政策
科研管理制度则规定科学技术在整个社会中的地位，与社会其他形态的相互关系，以及科学技术体系结构中的侧重点。其范围包括科研享有多大的自由，在多大程度上对科学进行管理；用什么方式管理；科技与政治经济程度的相关程度。
一个国家的科技管理制度对其社会的科学能力影响极大，或者削弱、窒息、扼杀社会的科学能力；或者对社会的科学能力起发酵、催化、放大的作用。
科技的发展对管理体制提出了双向要求：既要保证小科学的充分自治，又要对大科学项目实行控制和管理。
让科学充分自治的理由是：因为科学劳动的重要特点是创造性，让科学家沿着自己的科学思想的自然发展进行研究是取得成功的保证；科学前进的内在动力是对科学的热爱、兴趣和求知欲；由于科学劳动的探索性特点，学术交流、学术竞争和人员流动史科学繁荣的生命；科学发展中外部的粗暴干预曾造成不少的严重后果。
如果一个国家让科学充分自治，就会导致自由科技体制。在这种体制中，科研前进来自内部的指令，按其自身规律发展，学术领导、同行评议起控制和决定作用；其特点是柔，对应分散的结构。优点是科技潜力容易发挥，调节灵活；有充分的流动和竞争；缺点：经费、重大的科研手段和条件依赖外部供应；大项目研究依赖国家组织和科学管理系统的配合。这种自由科技体制又称为多元分散型科技体制，以美国为典型。
对科学技术研究活动加以控制和管理的理由是：科研规模越来越大，难度越来越高，科学的管理已成为一种决定性因素；科技的发展出现了人类意料之外的危害，人们意识到不能对技术的发展放任自流，而必须权衡利弊，加以控制；科学内部的探索方向与社会的迫切需要并不总是吻合的；科学技术体系结构的日益复杂化。
如果一个国家过多对科学实施控制，则通常采取计划科技体制。在这种体制中，对科研实行从外向内的、自上而下的集中权限管理。科研的指令来自外部的计划，其特点是刚，相应的结构是多层次、多条块；优点是便于集中力量，有利于大科研项目的进行；缺点是僵化；只有纵向联系没有横向联系。这种计划科技体制又称为集中型科技体制，以原苏联最为典型。
现代科技体制则是自由与计划的结合。多数国家朝着集中协调型科技体制发展。国家提供科学基金资助科研机构的自由研究，同时又对一些大的科研项目实行计划管理。
不管是自由还是计划，每种模式都各有优点，不能简单地肯定或者否定，同时在实施过程中又不断地进行调整变化。当考虑科技体制与管理制度时，应该注意到以下几点：
首先，科技体制不仅是具体科学技术活动的组织管理形式，而且反映着科研这一特殊生产活动中人与人之间的关系，反映着某种特定意义上责、权、利的分配关系。科学技术是第一生产力，科技体制就必须为生产力的发展服务，必须为经济建设服务。一个合理的科技体制应该同一个国家、地区的体制特别是经济体制协调一致，并受其制约。因此，政府干预科技体制成为必然。
其次，一定的科技体制，是为了有效地组织科学技术活动而设置，它必然需要适应科学技术发展和科学技术体系的客观规律性要求。例如，基础研究的探索性要求科技体制提供足够的时间和资金的支持；科技产业化要求科技体制适应产业发展特别是企业发展的要求；科技社会化要求科技体制能够发挥科研系统的整体效应，与经济、教育、文化等协调发展；科技全球化科技体制能够保证更多的国际合作与交流的进行。
第三，科技体制中组织结构和管理制度是互相关联的。同时如果结构设计不合理，制度也不能发挥作用。中国的科技组织结构是政府和事业单位的两分结构，而市场经济国家特别是美国的科技组织结构为三分结构（政府、企业、非营利机构）。在发展经济的时期，企业科研则占有重要的地位，而在军事对抗的时期，则政府科研的地位则相对突出。从美国40年来研究与发展（R&D）变化情况可以看出这一点。
近40年来，美国R&D投入逐年增长。前20年缓慢增长，其原因就在于苏美之间的军事对抗，政府花了大量的科技投入用于军事研究。而1978年后增长速度明显加快。1988年后，联邦政府投入基本不变，企业投入则剧增，因为这时冷战已经结束。到1998年，企业R&D投入已占到全部R&D投入的60％以上。因此，企业已经取代政府成为R&D投入的主体。
数据来源：Science and Engineering Indicators…2000
R&D投入中，1953年至1983年，用于发展研究、应用研究和基础研究的费用同步缓慢增长，但1983年以后的20年间，用于发展研究的增长速度明显高于基础研究和应用研究，而以基础研究增幅最小。
数据来源：Science and Engineering Indicators…2000
4、国家科学基金
科学基金制是一种无偿资助基础研究的行为。科学基金制是科技管理体制的一种形式，即通过建立基金，根据设定的资助范围和目标，择优资助科研项目和进行科研资源的管理方式。科学基金制具有公开竞争、公正合理以及灵活等优点。实行科学基金制，其实质是从制度上创造一种高效率的竞争机制，把竞争机制引入科研管理系统，以改变传统的拨款的管理方法。科学基金的来源有私人、私人组织和企业，但更大部分来自于政府。
19世纪是基金会蓬勃发展的时期。例如，1860年建立的德国的洪堡基金会接收来自各国的捐助，因此也为世界各国的青年科学家提供到德国大学或研究机构进行基础研究的奖学金。1864年，英国成立了爱丁堡大学贝特基金会，它资助英国的教育和科研事业。1895年，按诺贝尔的遗嘱设立了诺贝尔基金会，为世界各国最优秀的科学家提供奖金。目前，诺贝尔科学奖已成为世界最有影响的奖励。美国有世界上数量和规模最大的私人基金会。20世纪初，美国政府在税法中对私人基金会及其捐款人给予免税优惠，一些私人财团相继建立了以个人命名的私人基金会，如洛克菲勒基金会、福特基金会等。
世界各国都建立了国家管理的基金会。1932年日本成立了日本学术振兴会，成为日本政府资助科学研究活动的重要组织，它的宗旨是鼓励学术研究，援助研究人员，促进国际学术合作的实施，振兴其他学术研究。英国的联邦基金会、瑞士国家科学基金会、比利时的科学研究基金会等，都是国家科学基金会，都对各自国家的科学发展起者重要的作用。
在万尼瓦尔·布什（Vannevar Bush；1890…1974）的建议下，美国联邦政府于1950年建立了国家科学基金会。基金会通过发起科学研究、鼓励和支持科学教育的改进、赞助科学情报交流，来履行其职责。国家科学基金会本身部进行研究或教育项目。基金会赞助数学、物理、医学、