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实验体处理工厂已无法处理大量感染者尸体，工人们暴露在病毒下工作，并有不少员工出现轻微感染症状。Umbrella认为浣熊地区病毒泄漏事件已无法控制，决定严守秘密，并防止S。T。A。R。S和州警介入。
7月22日
美国海军特种部队少尉比利·科恩（Billy·Coen）因被指控1年前在非洲执行任务时枪杀23人而被判处死刑，经由阿克雷山区押送至雷克森基地（Lexson）执行死刑。数小时后，押送车辆在阿克雷山区遇袭，押送人员全部死亡，比利下落不明。为避免机密外泄，Umbrella隐藏了情报，同时为了测试各种B。O。W的能力，通过阿尔伯特·威斯克的安排，S。T。A。R。S进入了阿克雷山区。
1998年
7月23日
20时
马库斯博士指挥大批水蛭袭击了Umbrella的客车，车内乘客全部死亡。
22时
浣熊市警局特殊部队S。T。A。R。S的Bravo小队乘坐直升机前往阿克雷山区调查情况，出发后不久受到不明武器袭击坠毁，和浣熊市警局失去联系。在树林中，Bravo小队新成员瑞贝卡·查姆伯斯（Rebecca·Chambers）发现了一辆严重损毁的宪兵车，比利·科恩下落不明。队长恩里克下令就地搜索幸存者。搜查中，瑞贝卡发现了Umbrella的客车，前往调查时瑞贝卡遇到比利·科恩。鉴于情况危险，比利提出合作，瑞贝卡勉强答应。阿尔伯特·威斯克和威廉·柏金早干部培训所指挥Delta小队将列车开走并撞毁它。瑞贝卡和比利及时从列车中逃出。马库斯博士通过监视器告诉威斯克和威廉他之所以复活就是为了要报复Umbrella的所有人，包括他们两人。威斯克和威廉意识到Umbrella大势已去，两人便商量脱离Umbrella。威廉为了强化“G”病毒离开了干部培训所，而威斯克则按原计划将S。T。A。R。S引进洋馆。瑞贝卡和比利在干部养成所里遭遇重重危险，但都一一解除。期间比利还救过瑞贝卡，瑞贝卡发现比利并不像传说中那样残暴。两人分头行动，瑞贝卡消灭了一具暴君试作型，并和比利来到一个布满水蛭的大房间，等待他们的正是马库斯。两人经过配合，终于消灭了马库斯，炸毁了干部培训所。瑞贝卡承诺不会在报告中提到比利，比利非常感激，在山崖上告别后，瑞贝卡按照指示前往洋馆。Bravo小队成员爱德华·杜威（Adward·Dewey）已确认死亡，其余成员全数进入洋馆。
7月24日凌晨
威斯克以支援Bravo小队为由，带领Alpha小队进入阿克雷山区。当Alpha小队降落并展开搜索后，队员约瑟夫·弗罗斯特（Joseph·Frost）遭到变异丧尸狗的攻击不幸殉职，其余成员退往洋馆。之后威斯克射杀了了解到真相的Bravo小队队长恩里克，并以巴里·波顿（Barry·Burton）的妻女要挟巴里。克里斯·雷德菲尔德（Chris·Redfield）在洋馆中找到身受重伤的Bravo小队成员理查德·艾肯（Richard·Alken），理查德为救克里斯被变异大蛇吃掉，克里斯中毒，被赶来的Bravo小队成员瑞贝卡所救。吉尔·瓦伦汀（Jill·Valentine）来到森林中的小屋，遇到了女性实验体丽莎，同时发现了鬼鬼祟祟的巴里。吉尔正疑惑巴里的所作所为时，丽莎苏醒并攻击两人。吉尔相信了巴里并合力对付丽莎。当丽莎母亲的棺材被打开后丽莎悲鸣着跳入山崖。当吉尔和巴里经过深入调查来到洋馆深处的秘密实验室时看到了威斯克正操纵着电脑。巴里突然用枪指着吉尔，威斯克冷笑着告诉吉尔巴里妻女的性命都在他手上。吉尔才明白威斯克是Umbrella的人。正当威斯克要解决掉吉尔时巴里的正义感促使他救下吉尔。威斯克冷笑着打开了身后巨大的容器。容器中淡绿色的液体渐渐褪去，露出了一个身高3米的人型怪物。这就是Umbrella研制的高级战斗生命体“Tyrant”（暴君）完成型。皮肤灰白，肌肉强硕，身形巨大，锋利的巨爪一挥便打碎了硬度极高的强化玻璃。威斯克此时已服用了威廉给他的药物，只要让暴君杀死他他就会进入假死状态并给Umbrella以死亡的假象。当暴君逼近他时他毫无畏惧，几乎是及其兴奋的面对着即将到来的死亡。暴君一爪捅进他的身体，剧痛之下威斯克不禁倒在地上。然而吉尔，巴里和赶来会合的克里斯拼尽全力击倒了暴君。
7月25日凌晨
在洋馆中历经了地狱般的24小时的吉尔，克里斯，巴里来到天台上等待救援直升机的到来。就在此时暴君却拼死追了过来，并且变得异常狂暴，3人都受了伤。赶来救援的S。T。A。R。S成员布拉德·维克斯（Brad·Vickers）将S。T。A。R。S允许携带的最强武器火箭筒扔给克里斯，克里斯用它彻底消灭了暴君并启动了洋馆的自爆装置后会合瑞贝卡乘坐布拉德驾驶的直升机逃离洋馆。
1998年
9月29日
以最优异的成绩从警校毕业的年轻警官里昂·斯科特·肯尼迪（Leon·Scott·Kennedy）来到浣熊市上任；克里斯的妹妹克莱尔·雷德菲尔德（Clare·Redfield）为了寻找哥哥的下落也来到了浣熊市。然而迎接两人的却是无数疯狂嗜血的丧尸。两人相遇后共同寻找逃出浣熊市的出路。在警署克莱尔发现了克里斯的日记，了解到哥哥为了不让她担心已瞒着她独自前往欧洲调查Umbrella的情况。在警局二楼克莱尔发现了一个被丧尸追赶的小女孩，克莱尔便去救援。里昂在一个停车场里遇见了华裔女子艾达·王（Ada·Wong）。两人逃离了一段时间后发现一个金发女子，女子转身就逃，两人去追，不料金发女子却开枪射击两人，里昂为救艾达受了伤。艾达继续追击，在一个小屋里艾达未注意时被金发女子把枪打掉。女子告诉艾达她是威廉·柏金的妻子，安奈特·柏金。她向艾达讲述了威廉的研究成果被Umbrella的人夺走而注射病毒变成怪物的经过，她发誓要为丈夫报仇。艾达在这时暴起发难，将安奈特推下了楼梯。另一边克莱尔在警局密室里发现了警察局局长艾隆斯。在艾隆斯的艺术收藏品室发现了小女孩，威廉的女儿雪莉。雪莉告诉克莱尔有个比丧尸更可怕的怪物正在前来的路上。然而她并不知道那个怪物正是她的父亲：威廉。威廉注**“G”病毒后失去理智，成为了怪物。威廉不断追赶血亲女儿雪莉。克莱尔带着雪莉回到密室，发现艾隆斯已经离去。此时，在地下室里，威廉将一团从自己身上分泌的病毒块塞进了艾隆斯的嘴里。克莱尔发现后想要除掉威廉，然而艾隆斯却用枪威胁克莱尔不准靠近。刚才被塞进艾隆斯嘴里的怪物快速成长，并从艾隆斯的身体里冲了出来。克莱尔奋力消灭了那个生物后带着雪莉逃跑。雪莉失足掉进下水道。威廉找到雪莉并给雪莉感染了“G”病毒后离去。在隧道里克莱尔找到了雪莉，就在此时威廉再度出现并疯狂袭击克莱尔，克莱尔拼死击退威廉。另一方面，里昂和艾达两人同样遭到威廉的袭击，艾达受伤，里昂苦战击退威廉。里昂为救艾达去寻找出路和解药。却又遇见受了伤的安奈特，安奈特以为里昂也是Umbrella的间谍，她告诉里昂艾达其实她也是Umbrella的间谍。安奈特正要动手杀里昂时屋子一阵剧烈的震动，安奈特被掉落的铁管击中昏迷。里昂从她身上拿到“G”病毒。这时艾达出现，向里昂讨要“G”病毒。里昂才痛苦的发现艾达真的是Umbrella的间谍。两人相持一会儿后艾达屈服了。就在他们准备搭乘逃生列车逃离时，Umbrella空投在浣熊市内的“Tyrant002”（暴君改002型）出现。艾达为救里昂被暴君杀死。翻身掉下铁桥。研究所自爆装置被暴君击中开始倒数。里昂狂怒之下奋力消灭了暴君。伤心之际里昂将“G”病毒扔下铁桥。不久后，掉落在下水道内的“G”病毒被Umbrella特种部队成员汉克（Hunk，第四幸存者）找到并回收。过了几小时，安奈特再遇克莱尔，并企图使用研制成功的病毒疫苗使早已变成怪物的威廉变回人。但是失去人性的威廉残忍杀害了安奈特。克莱尔从安奈特身上得到了疫苗合成方法，于是决定为雪莉配一剂。撤退途中，威廉再度袭击他们。威廉从G1进化到G5，最终还是被克莱尔击倒。里昂，克莱尔，雪莉三人搭乘火车逃出了浣熊市。另一边，吉尔苦于逃脱追踪者（Tyrant203型）的追杀。途中，S。T。A。R。S成员布拉德·维克斯被追踪者所杀。吉尔在逃亡途中遇到了Umbrella生化危机特别应变部队成员（U。B。C。S）卡洛斯·奥利维拉（Carlos·Oliveira）、队长米克鲁（Michael·Victor）、烈哥拉（Nicolaiginovaef）。众人开动电车逃走，追踪者再度迫近，米克鲁为救卡洛斯和吉尔，用手榴弹和追踪者同归于尽。电车出故障，在钟楼停下。追踪者尾随而至，吉尔受重伤，并感染了病毒。卡洛斯拼死击倒追踪者。卡洛斯为救吉尔，前往医院取药，却发现烈哥拉实际是Umbrella的监视员，负责收集各种B。O。W的数据。卡洛斯和吉尔了解到明天早上将有一枚核弹将摧毁整个浣熊市。在废物处理工厂追踪者被硫酸腐蚀后被处理掉。然而，在实验体销毁工厂追踪者变异成为巨大的爬行生物，并且执着的袭击着吉尔，吉尔用威力强大的电磁炮轰碎了追踪者。最终卡洛斯和吉尔搭乘直升机逃离了浣熊市。
10月1日
美国政府为了杜绝后患，于十月一日晨投放了一枚核弹进行灭菌作战。整个浣熊市及周边区域被夷为平地，10万人在此次生化危机事件中死亡，史称浣熊地区生化危机事件。艾达·王被投靠至谜之组织“H。C。F”的前S。T。A。R。S队长阿尔伯特·威斯克的救助下复活。威斯克从威廉的尸体上回收了“G”病毒，并和艾达一起在灭菌作战前逃离浣熊市。
10月9日
席那岛刑务所的囚犯计划集体越狱。
10月10日
囚犯们企图夺枪越狱。席那岛司令宾赛德下令将逃犯全数枪杀。
10月11日
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