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当人类胚胎开始分裂的时候会收到两组基因的指示，例如父方与母方的关于身高或是眼睛的颜色指示。有时来自于双方的基因指示会妥协，比方说控制身高的指示。而有时其中一组会主控，比方说控制眼睛颜色的指示。举例来说，不管是来自父亲还是母亲，棕眼的指示通常都会控制蓝眼的基因（因此后者称为隐性基因）。当棕眼与蓝眼基因相遇时，蓝眼的基因会隐藏起来。如果成功生下的后代带着隐性的蓝眼基因再遇到了棕眼基因的伴侣，在后代中这种蓝眼的指示有时会变得不易察觉，不过它会存在并一直传下去，这就造成了基因潜伏的现象。它不会被看到或表达出来，直到遇到另一个蓝眼基因，这时孩子就会只有蓝眼的指示。
潜伏现象在几代之后就会有负面的影响，尤其是基因产生突变的时候。比方说，眼睛颜色的基因若突变为红色眼睛的基因——一个显性的基因，下一代就会是红色眼睛。如果是隐性的，它也许就潜伏到很多代以后，直到找到具有相同基因的人配对时，才可能会生下红眼的孩子。
红眼睛可能只是不美观，不一定危险。不幸的是，很多潜伏性的基因是危险的，而且两组相同的基因结合会使孩子死亡或残废。我们大多数人都带有一个或更多个这种基因。但只要我们够幸运，不要与带有相同基因的人繁衍下一代，这种致命的特征就不会显现出来。而即使我们真的与带有相同潜伏基因的人繁衍后代，孩子畸形的几率也只有1/4，因为要卵子及精子同时都有此基因才行。所以，如果只有其中一个有，下一代就会带着这个基因，但不会立刻显现出来。
乱伦不会增加危险基因结合的几率，但是会大大地增加携带潜伏性基因的机会，而增加的几率会随着此基因存于人口中的普遍性而有所改变。
假设在本场景中的男人带有一个会让孩子畸形的基因，而假设这在人口的比例中是1％。如果他也在此人口中择偶，那么遇到一个有相同潜伏性基因女性的几率也是1％。即使真的发生了，就像刚刚提到的，他们生下的孩子会得到两组相同的危险基因的几率只有1/4。因此孩子显现出畸形的机会是1/400。不过在本场景中，男人并没有在广泛的大众中寻找繁衍对象——他和一个同自己女儿一样被养大的女性繁衍。如果女孩真的是他亲生女儿的话，她可能会有1/2的机会带有畸形的基因。加上孩子可能遗传他们两人的基因的几率是1/4的话，如此一来，可以知道孩子畸形的几率会变成1/8——有50倍以上的风险。
第五章 家庭冲突场景16 乱伦（3）
当然，如果父亲刚好没有带着任何危险的潜伏性基因，那么在基因学上来说，与女儿乱伦的行为就跟和其他人发生性行为一样安全。另一方面，如果男人带有一个以上的危险基因，几率就会比我们刚刚计算出来的还要大。许多关于孩童基因疾病的研究显示，由父女及手足乱伦关系中生下来的孩子，约有一半会有基因上的疾病。日本、巴西、法国、印度及英国的研究显示，堂或表兄弟姐妹的后代死亡率约为4％，而叔侄乱伦行为的后代死亡率是10％。这些数字暗示了人类平均来说一个人带有1～4个危险的潜伏性基因。真正乱伦的危险虽然因人而异，但是我们推论出父女乱伦行为的风险是1/8（以1个危险潜伏性基因来算）。母子乱伦如果有后代的话，风险也是一样的。兄弟姐妹间的话就是1/16。
在本场景中，男人和女孩发生性行为并生下孩子，一开始男人并不知道他们是否在增加基因上的风险。如果女孩真的是他的亲生女儿，风险就高些，但他不知道到底是不是。当孩子似乎正常健康时，他才得知真相，也有了辩解的理由。不过大多数潜伏性的基因在孩子出生前就显现出来，可能在还是胚胎时就流产、可能成为死胎或早在出生前就成为畸形。无论如何，如果场景中被男人让抽水马桶冲掉的那张纸证明女孩是他亲生女儿的话，以后可能还会有问题。有些基因性遗传疾病会在孩子出生后几年才显现出来。一个例子是VLINCL（variant late infantile neuronal ceroid lipofuscosis），这种疾病在芬兰最为常见。感染的孩子在前几年顶多是手脚笨拙，但随着时间的推移，他们会失明或瘫痪，通常会在青少年时期就死亡。
应该强调的是，乱伦不会导致这些基因问题——仅仅只是增加它们发生的几率。任何一对伴侣如果不幸带有相同的危险性潜伏基因，不管他们是不是乱伦，都会遇到这个问题。比方说，芬兰的某些地区人口较少，选择伴侣的机会有限，像VLINCL这样的疾病就常常发生。在芬兰，家谱研究者追溯VLINCL基因开始于17世纪。它显然潜伏了400年没有显现，而最保守的估计上一次此疾病的发生在600年以前。比较起来，得到膀胱纤维畸形的人预估是发生在5000年前，在后冰河时期之前。现在在英国及法国，每25个人中就有1人带着潜伏性的基因，而2500个孩子中会有一人显现出来。
目前为止，我们关于乱伦的讨论有两个完全相反的要素。一方面来说，之前提到如果近亲通婚可以有基因上的获益，因为共享的“好”的基因的数量可以传到后代身上。另一方面，这也增加了解除束缚的潜伏性基因的风险。虽然这两个要素综合来说在父女、母子及手足的结合中实际上没有什么好处，但也不是全然如此（在数学上可能可以计算出它的利弊得失）。不过还是没有单一的答案，因为就像我们知道的，这完全取决于一个人带有多少危险的基因。如果她或他都没有携带的话，父女及手足之间的乱伦其实是最佳的交易。如果有一个这样的基因，最佳交易就会出现在堂或表兄弟姐妹的关系上，而若危险性基因的数量增加，最佳关系的范围就要扩大到更远的亲属关系了。
因此我们应当可以揣测人类及其他物种会避免与近亲通婚，而且如果可以找得到的话，会偏好找居住于较远处的配偶，因为只有如此才会利多于弊。以下是研究发现的成果。第一，近亲通婚在其他物种一样不常见。野生鸟类大山雀发生率为1％；野生哺乳类，一种生活在法国南部卡马格地区的野生马类发生率为10％。第二，对鼠、马及猴子的研究显示，当它们有自由选择的时候，通常会偏好关系较远的亲属。人类并没有这方面的研究。不过在法国，一般而言，伴侣约是六代亲属的关系。在英国关系则较远一点。这里提出一个小故事，查理斯·达尔文，他不知道这种遗传学计算方式会在1个世纪之后被演化生物学家以他的名字命名，他娶了堂妹爱玛，而且生了很多孩子。
这些研究让我们不禁要问，自然淘汰如何设定并执行这样的避免或偏好。它通过3种方式：第一种是由家庭成员在繁衍下一代前各自分散；另一种是让人类对于小时候认识的人产生配对上的反感；第三种是使人具有判断相似性及差异性的能力，也可说是分辨亲属关系的能力。
第一，因为自然淘汰已经在人的孩童时期就预设好家庭分散的程序，当成长到青少年期就会变得想要旅行探索。这样的渴望最终会让青少年离家自立。这种现象不只发生在人类身上，也发生在所有脊椎动物身上。在很多物种中，这样的不可抗拒力会发生在其中一个性别上（通常是哺乳动物的雄性及鸟类的雌性），它们会变得越来越想要离家外出。在少数的物种中，例如某些灵长类——猴子和长臂猿，在青少年时期两性都会有同样的探索渴望。人类介于两者中间。男性可能有更多的探索动机，而在很多社会中，他们也有较多的自由。不过女性也不一定缺少这样的渴望，而且在工业化社会中，女性会有较多的自由可以付诸行动。不论在这些物种身上表现出哪一种模式，家庭会在第二代开始繁衍之前分散。有关青少年期的探索会在场景20中讨论。分散有好几种功能，其中一种就是家庭成员的分散，会降低择偶时候的乱伦机会。
第二，自然淘汰已经预设好择偶的程序，所以两性，特别是女性，会有对于与家庭中其他成员成为配偶的反感。自然淘汰的基本原则很简单：不要跟任何童年时期非常熟悉的人配对，因为他或她可能会是近亲。因此动物对于陌生的动物会有较大的兴趣。这样的偏好在哺乳动物中很普遍，虽然在马类、松鼠跟红猴子中各有程度上的不同。人类似乎也是被预先设定好要遵循相同的规则。举例来说，一项上世纪60年代在以色列奇布宁地区的研究显示，孩子在社区里一起抚养长大的话，便不太会跟年轻时熟悉的人结婚，即使他们在心里都很清楚彼此不太可能有亲属关系，但身体却感觉到跟这些人繁衍所可能产生的危机。
第三，随着更多限制的成功，自然淘汰已经试着去美化与童年时期熟悉的人为伴侣的厌恶感，还增加一种对可能是亲属关系的人的反感。对蜜蜂、黄蜂、青蛙、蟾蜍、爬虫类及哺乳动物如野狗等的实验显示，即使是分开来抚养，它们也有一些能力去分辨亲属还是非亲属。无论如何，就像我们曾经提到有关父性确认的问题，没有一种方式是能够绝对地分辨出来的。错误会发生，亲属或非亲属的行为只有程度上的差异，并不是定律。一般来说，动物评判亲属关系的标准似乎是这样：任何两个个体如果在外表、气味以及行为上越相似的话，越有可能是近亲。因此，动物应该会偏好与不可能成为堂或表的兄弟姐妹配对。我们不能够确定这标准是否也是人类在选择配偶时所采用的，但是演化�