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奥本海默已经意识到了这一问题。他在周游全国招兵买马的时候，惊讶地发现在他的同事中很少有人为参加军队的想法所吸引，相反，一提到洛斯阿拉莫斯管理的军事化，大都有罗伯特·F·贝彻那样的表现。
管理上军事化的要求，并不单单来自格罗夫斯。实际上，军政委员会对此态度更为坚定。奥本海默曾向科南特讲过自己的感觉，而给奥本海默的印象是，在这个问题上，科南特没有松动的余地。可出了贝彻的事后，奥本海默觉得这一问题到了非解决不可的时候了。他毅然给科南特写了信，信中说：“虽然执行安全和保密措施应该由军方来掌握……但是，关于应该采取哪一些措施的决定权应该掌握在实验室的手里。因为我相信这是惟一能保证科学家们的合作和情绪不受挫伤的做法。”奥本海默告诉科南特说，这不光是失去贝彻一个人的问题，“我不怀疑，到头来，物理学家们会团结一致加以抵制。如果这些条件得不到满足，我们不但将得不到麻省理工学院的人，而且许多已经准备参加新实验室的人也将重新考虑他们的承诺，或者带着疑虑来参加从而减少他们的可用性”。他的结论是：一次反叛将意味“我们工作的真正的耽误”。
格罗夫斯不但主张管理军事化，而且还打算给科学家们授军衔。他的考虑是，以此作为一项安全措施，而且也因为他们的工作可能是危险的。格罗夫斯对问题的政治方面很少感兴趣，但是他却怕耽误。耽误是不可想象的。他妥协了。科南特也妥协了，随后起草了一封信，由格罗夫斯联名签署，以备奥本海默在招收人员时使用。信中允许新的实验室在危险的大规模试验之前保留文职的行政领导和文职的工作人员。陆军将对在实验室这块土地建立起来的社会进行管理，但实验室本身的安全将是奥本海默的责任。
第五部分：洛斯阿拉莫斯实验室洛斯阿拉莫斯实验室启动了
洛斯阿拉莫斯实验室终于启动了。1943年3月15日，天气晴朗，和风习习，一大早，奥本海默便率领他的一小批助手开到了圣菲。
此后的四个星期里，科学家们和他们的家属乘坐汽车和火车也陆续到达。
方山那边还没有准备好。人们需要暂时住在圣菲。这里的旅馆全部被包了下来。格罗夫斯要求人们在旅馆的走廊里不要发生违反保密规定的事。圣菲为数不多的旧车和小公共汽车存货统统被陆军买了下来，作为交通工具。一辆辆摇摇晃晃的破车沿着轧出来的车辙和泥泞小道在方山和圣菲之间往返颠簸。车胎瘪了或陷入泥坑而等待几个小时算不了什么新鲜事。每逢遇到这种糟糕的情况，当圣菲配装的饭盒用卡车好不容易送到的时候，人们才稍微得到了一点安慰。
生活上的困难使工作节奏难以快起来。奥本海默开始用他那一套使这种节奏加快：大家从事的，是一项空前绝后的工作——它是前人没有做过的。他们的工作是要结束这次战争，从而也就结束所有战争。大家相信他，克服着种种难以想象的困难，全力以赴地干着。
很多日子之后，方山这边的房子才盖起来。人们陆续地迁到了这里。原来牧场学校的一所用手工劈成的木料装配而成的称为“富勒”的小屋— —奥本海默还清楚地记着它的名字——改建成了小礼堂，被用来当作餐厅和客房。小屋南边有一个池塘，它是以牧场学校创建人的名字命名的 ——阿什利塘。20多年前，整个夏季，这个水塘几乎天天映着奥本海默和陪伴他的那位老师的倒影。
夏天就要到了，不知是谁，反正不是奥本海默，准备了一只独木舟。从这只夏季用来在池中游弋的独木舟，人们联想到了冬季——到那时，这里便是一个不坏的滑冰场。池塘旁边有一间石砌冰窖，过去学校用它贮藏冬天切割下来的冰块。再往北有一排房子，原来是教员的备课室。这两处建筑都被保存了下来。这排房子的最东头的两间，当时曾腾出来供奥本海默和陪他的老师居住。池塘以南，是新建成的技术区，那是长长的一排平房，薄板当墙、木瓦为顶，外表被漆成了单调的军绿色。它的南面，和这些平房相连，是一组T形建筑，这是供奥本海默和他的工作人员以及理论物理处用的。再往南，用一条带顶的走廊连接起来的是比T形建筑长得多的化学和物理楼，其中放有范德格拉夫起电机。再往南就是实验间了。实验间已经到了洛斯阿拉莫斯峡谷之上的方山的边缘。在山坡上，承包商盖上了一座低温实验室以及能容纳将从哈佛运来的回旋加速器的房子。在技术区的西边和北边，是第一批两层楼的四单元公寓。在它的旁边，更多的供单身者使用的公寓和宿舍正在建造之中。
1943年的4月初，奥本海默召集了他的科学专职人员约30人，让他们听一系列入门讲课。当时，已经确定前来的科学家已经达到了100人。
第五部分：洛斯阿拉莫斯实验室给科学家们上“入门”课
奥本海默决定要他在加利福尼亚的学生、削瘦而腼腆的罗伯特·塞伯担当讲课的任务。别看罗伯特·塞伯腼腆，讲起来那口气却是权威性的。他的课概括了伯克利夏季研究中所得出的结论，并且综合了去年的实验性的裂变工作。
由于分隔而被蒙在鼓里的化学家们和实验物理学家们被塞伯的讲课震惊了。科学家们听课后，才真正知道了“货真价实的东西”。过去，他们只凭猜想或道听途说而知道的一些事，现在，有的被证实了，有的被否定了。
罗伯特·塞伯的讲义经过洛斯阿拉莫斯实验室副主任沃尔夫冈·泡利的修订，成为被称为《洛斯阿拉莫斯入门》的文件。这个文件后来被发给所有新到这个技术区的人。就这样，24页油印的《入门》，成为建造第一批原子炸弹的实验室工作的启蒙教材。
在洛斯阿拉莫斯，科学家们找到了自己的良师益友。第一批科学家平均年龄只有25岁。奥本海默、泡利、贝蒂、特勒、麦克米伦、赛格雷等人，都成了“老前辈”了。其实，当年，奥本海默只不过39岁，贝蒂36岁，特勒37岁，麦克米伦38岁，如此等等。
现在，费米、劳伦斯、西博格等，都已经归属了洛斯阿拉莫斯。只是，这边的实验设备没有弄好之前， 他们仍需在各自的原有设备前为洛斯阿拉莫斯继续工作。
年轻的科学家们看到，最终他们也能奉献他们自己了。在这种令人振奋的新的自由中，他们很少注意到诸如围墙、铁丝网等等。
相比之下，这些科学家们的妻子们思想沉闷些。她们看到了围墙，看到了铁丝网，她们感到自己受到了禁锢。还有一层，奥本海默和格罗夫斯决定，不许让她们知道来这里的真相，就是说，她们谁也不晓得自己的男人来这个被禁锢的地方干什么事情，因此，她们的日子比男人们不好过，就不难理解了。
泡利向科学家们发表了概括性讲演，他说：“我们整个计划的目标，是生产出一种实用的军用武器，样子像一枚炸弹，其能量，是从一种或多种已知的能显示核裂变的材料被中子轰击后产生的链式反应中释放出来的。”
塞伯说，一公斤铀235大约等于20000吨TNT。他还指出，大自然禁不起人类的干预已经几乎把所有的核秘密展示了出来。
塞伯向大家讲了裂变截面、二次中子能谱、每一裂变的平均二次中子数、临界质量、铀238俘获中子从而导致钚产生的过程以及为什么普通铀是安全的等问题。讲演中，他第一次称原子弹为 “小玩意儿”，此后在山上成了原子弹的别名。五、扩大了实验项目，
洛斯阿拉莫斯变得更挤了前不久，热核理论在奥本海默和特勒的推动下被热烈地讨论起来。格罗夫斯建议将热核弹的理论研究以第二位的优先地位继续下去，从属于裂变弹的工作。这意味着，这项重大研究课题归属了洛斯阿拉莫斯。他还提议，对化学工作计划做一次重大改革：把钚的最后纯化工作放在“山”上来。他的理由是：这种珍稀的新元素在几个月里积累到足够的数量来装配一枚炸弹之前，将在实验中被一再使用并需要经常加以纯化，洛斯阿拉莫斯最适合负起对钚弹的性能的最终责任。
格罗夫斯的两项建议都被批准了，而这就要求“山”上的人事编制立即增加一倍。
实际情况是，从那以后一直到战争结束，洛斯阿拉莫斯的从业人口每九个月就翻一番。建筑的尘埃从来没有停息过，住房永远紧张，水电总是短缺。钱花多了，但在文职人员的舒适方面，格罗夫斯绝不肯多花一分钱，他只限于这批人得到基本的生活保证。
第五部分：洛斯阿拉莫斯实验室研究进展
1943年的4月14日，哈佛的回旋加速器的底座磁极被安放妥当。5月15日，范德格拉夫静电加速器运转达到了400万伏的能量级。6月的第一周，掌管回旋加速器的科学家和工程师在奥本海默面前显示了电子束的信号。6月10日，200万伏的短箱加速器装好，并调试完毕。
7月，洛斯阿拉莫斯进行了第一次物理实验，人们数了钚239在裂变时所释放的第二代中子数。洛斯阿拉莫斯技术史记载说：“在这一实验中，中子数是从几乎看不见的一丁点儿钚那里测量出来……这一实验于是确立了迄今尚未证实的东西，尽管加速器不惜血本地造得那么匆忙。”这再次证明，钚能够发射足够的第二代中子束造成链式反应。
这一丁点儿——200毫克——的钚是格林·西博格的冶金实验室的产品，月初由西博格亲自送达。
七、引爆和投掷实验同时进行
这时，布什向格罗夫斯推荐了一名军官——威廉·帕森斯海军上校，安纳波利斯海军学院1922年级毕业生，43岁，当时在布什手下